Cartographie et développement de marqueurs liés au gène de résistance à la septoriose Stb16q en vue de son clonage

Contexte

Seulement 18 gènes de résistance spécifique à la septoriose (M. graminicola) ont été identifiés et seuls les gènes Stb5, Stb16q, Stb17 et Stb18 présentent encore une efficacité intéressante face à ce parasite.

Si ces gènes ont un intérêt en sélection, les marqueurs moléculaires liés à Stb16q sont malheureusement trop éloignés du gène pour que ce gène soit facilement utilisable en sélection.

C'est pourquoi, dans ce programme, nous proposons d'identifier de nouveaux marqueurs plus étroitement liés à Stb16q.

Objectifs

L’objectif principal de ce programme est d’identifier de nouveaux marqueurs moléculaires étroitement liés au gène Stb16q.

Comme ce gène a pour origine un blé synthétique, nous allons également tester des blés synthétiques, des apparentés ou dérivés pour vérifier si des sources de résistance à la septoriose autres que Stb16q sont présents dans ce matériel.

De plus, afin d’améliorer l’efficacité des tests de résistance à la septoriose (effectués au stade juvénile en conditions contrôlées), nous avons pour objectif de développer des isolats multi-virulents qui permettront d’identifier, avec une meilleure efficacité, de nouveaux gènes de résistance.  

Mise en place

La stratégie pour identifier de nouveaux marqueurs du gène Stb16q consiste à :

  • Effectuer un premier tri de marqueurs potentiels (carte consensus, nouveaux marqueurs SNP) par génotypage et phénotypage d'une population d'environ 200 lignées HD de façon à réduire facilement et rapidement l'intervalle génétique entre les marqueurs flanquant le gène,
  • Produire, à génotyper et à phénotyper la résistance à la septoriose d’une population F2 composée d'au moins 16 000 plantes pour cartographier finement ces marqueurs,
  • Exploiter la carte physique d'Ae. tauschii, et les séquences des génomes de riz et de Brachypodium afin d’identifier de nouveaux marqueurs physiquement proches de Stb16q.

Pour la création d’isolats multivirulents, ces isolats seront obtenus par croisement d’isolats combinant un grand nombre de virulences complémentaires. Ces isolats n’existant pas naturellement, ils seront obtenus et manipulés dans des conditions de sécurité biologique.  

Résultats obtenus ou escomptés

  •  De nouveaux marqueurs moléculaires totalement liés au gène Stb16q facilement utilisables en sélection. Ces marqueurs seront soit physiquement très proche du gène, soit dans le gène.
  • De nouveaux isolats de septoriose "multi-virulents" cumulant un maximum de virulence pour améliorer l’efficacité des tests de résistance effectués en conditions contrôlées.  

Piste de recherche pour le futur

Identification de la séquence d’ADN du gène de résistance Stb16q et compréhension du mode d’action du gène.

Impact et bénéfices du programme de recherche

Pour les sélectionneurs

Identification de nouveaux marqueurs liés au gène de résistance Stb16q qui permettront au sélectionneur d’utiliser facilement ce gène dans son programme de sélection.

Pour les agriculteurs

La possibilité d’utiliser des variétés ayant une nouvelle source de résistantes à la septoriose.  

Télécharger la fiche-résumé de ce programme

Informations générales

Ce programme est "en cours"

Année du programme : 2012

Partenariat

Le projet de recherche est mené par Florimond Desprez (coordinateur), l’INRA, Arvalis, R2n, DLO (PRO/PRI) et USDA-ARS

Fonds engagés

Les fonds engagés pour ce programme de 3 ans sont de 500.000 € dont 350.000 € d’aide FSOV.