FSOV 2018 N

Résumé du programme

La septoriose du blé tendre, provoquée par le champignon Zymoseptoria tritici, est l’une des maladies les plus dommageables pour cette culture en France. La proportion grandissante de souches résistantes aux fongicides dans un contexte règlementaire de réduction des produits phytosanitaires nécessite de proposer des variétés de blé résistantes à ce champignon. Or, à l’instar des fongicides, la forte capacité adaptative de Z. tritici entraîne des contournements fréquents des résistances variétales mono-géniques. Il est ainsi urgent de mettre en place des stratégies de sélection de résistances qui sont effi caces et durables pour les variétés de blé de demain. En utilisant, comme modèle d’étude, le gène à large spectre de résistance Stb16q, identifi é dans un précédent projet FSOV, nous proposons de comprendre comment préserver l’effi cacité d’un gène R, mais également d’évaluer la possibilité de restaurer/modifier l’efficacité de gènes majeurs lorsqu’ils sont contournés par les populations de pathogènes.

Ainsi, nous évaluerons l’impact de différents fonds génétiques sur l’efficacité et la durabilité du gène Stb16q à travers l’implantation d’un panel de plusieurs dizaines d’accessions sous de fortes pressions naturelles de septoriose. Cette étude sera renforcée par l’analyse du comportement des variétés possédant Stb16q et présentes dans les réseaux Arvalis, Vigiculture et DEPHY sur des centaines de parcelles en France. De plus, nous cartographierons les facteurs de résistance autres que Stb16q qui permettent au blé synthétique TA4152- 19 de ne pas être contourné à ce jour et dont l’association dans de nouvelles variétés pourrait permettre de mettre en place une résistance plus durable. Afi n de répondre au contournement rapide des gènes Stb, nous évaluerons le rôle de mutations aléatoires dans le gène Stb16q pour créer des allèles conférant une résistance à plus large spectre.

Enfin, afin de construire efficacement des résistances durables, il est indispensable de comprendre les mécanismes adaptatifs du champignon. Suite à l’introduction récente de Stb16q sur le territoire national, il est apparu des souches capables de contourner ce gène qui sont en cours d’expansion. Nous exploiterons cette situation unique de contournement récent de résistance en identifiant les déterminants génétiques fongiques à l’origine de ce contournement et en étudiant leur dynamique d’évolution spatio-temporelle grâce à la mise en place d’un outil de diagnostic moléculaire.

Perspectives de résultats ou de valorisation

• Cartographie des gènes/QTLs de résistance présents chez le blé synthétique TA4152-19 et Nogal qui confèrent un large spectre de résistance à Z. tritici
• Identification de marqueurs fi nement associés à certains de ces gènes/QTLs.
• Identification de fonds génétiques complémentaires à Stb16q et conférant un large spectre de résistance.
• Identification d’itinéraires techniques améliorant la durabilité de la résistance à Z. tritici à travers l’étude des données des réseaux DEPHY.
• Identification du gène d’avirulence AvrStb16q.
• Identification des différentes versions alléliques du gène AvrStb16q et des SNP impliqués dans la virulence.
• Effet de la virulence AvrStb16q sur la fitness de l’agent pathogène.
• Distribution spatio-temporelle à l’échelle du territoire national des populations de Z. tritici virulentes sur le gène Stb16q.
• Mise en place d’un outil de diagnostic moléculaire pour suivre AvrStb16q.
• Evaluation de la transmission de l’allèle d’avirulence AvrStb16q lors de la reproduction sexuée du pathogène
• Génération de mutations aléatoires dans le gène Stb16q et étude de l’impact de ces mutations sur le spectre de résistance des nouveaux allèles.

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