ResistaMicro

Résumé du programme

Depuis plusieurs années, Microdochium majus et M. nivale, champignons phytopathogènes pouvant infecter tous les organes des céréales, sont significativement présents en France et causent d’importantes pertes de rendements. Il devient indispensable de mieux comprendre et maîtriser ces deux espèces de Microdochium afin de développer des variétés tolérantes à ces agents pathogènes. Le projet « FSOV Microdochium », initié en 2014, a permis de mieux connaître l’occurrence de ces deux espèces en France, de mieux reconnaître les symptômes de la microdochiose sur feuilles, et a mis en évidence des comportements contrastés entre les variétés.

Ce projet a également permis de mettre en évidence des verrous méthodologiques notamment dans la maîtrise des inoculations artifi cielles. Ces freins sont, en partie, liés aux manques de connaissances sur la biologie de ces champignons. Afin de lever ces verrous, ResistaMicro sera structuré en 3 axes de recherche.

Le premier, axé sur la biologie et l’épidémiologie du champignon, consistera à caractériser génétiquement les populations de Microdochium spp. isolées principalement sur blé tendre mais également sur blé dur, orge et triticale, afin de regarder si il existe une structuration des populations selon l’hôte, les organes ou les régions. Parallèlement, nous identifi erons les facteurs agro-climatiques à risque dans le développement de la maladie par des analyses moléculaires de lots de grains issus des enquêtes Arvalis. La connaissance de ces éléments est essentielle pour implanter des essais variétaux dans des conditions optimales de pression de maladie et proposer un modèle de prédiction du risque.

Le second volet aura l’ambition de mettre au point des protocoles d’évaluation de la sensibilité variétale (blé tendre) à Microdochium spp. robustes, reproductibles et transférables à tous les acteurs de la sélection française. Afin d’identifier les critères nécessaires à la réussite des essais inoculés, plusieurs variables seront évaluées (e.g. isolats, taux d’inoculum, nombre d’applications, stade d’application,…) pour des variétés de blé tendre pertinentes identifi ées lors du précédent projet. En parallèle, nous développerons un test de phénotypage en conditions contrôlées (sur feuilles et épis) pour disposer de méthodes de criblage rapide et de protocoles pour l’étude du mode d’infection de ces agents pathogènes.

Le troisième volet consistera à étudier, en conditions contrôlées, la variabilité du pouvoir pathogène des deux espèces de Microdochium par la caractérisation du mode d’infection sur blé tendre, par des mesures d’agressivité selon les organes de la plante (feuilles, épis) ou encore la recherche de gènes impliqués dans l’interaction blé-Microdochium spp.

Pour conclure, ce projet fournira des livrables et des méthodes nécessaires et transférables à l’ensemble de la fi lière céréalière pour lutter efficacement contre Microdochium.

Perspectives de résultats ou de valorisation

• Caractérisation des facteurs agro-climatique à risque et mise au point d’un modèle prédictif ou d’une grille de risque.
• Mise en place de tests de phénotypage robustes en chambre de culture sur feuilles et sur épis.
• Mise en place d’un test de phénotypage robuste au champ sur feuilles et sur épis disponible pour toute la filière.
• Evaluation de la spécificité de réponse des variétés sur feuilles et sur épis vis-à-vis de différents isolats et espèces de Microdochium.
• Mise à disposition d’un génome de référence de haute qualité pour les deux espèces de Microdochium.
• Construction des bases génomiques indispensables à la compréhension de la biologie de Microdochium spp.
• Développement d’outils de génotypage pour la caractérisation de souche de Microdochium spp.
• Caractérisation de la diversité génétique des populations de Microdochium spp. multi-échelle.
• Evaluation du potentiel évolutif de Microdochium spp.
• Etude des mécanismes d’interaction en comparaison avec F. graminearum.

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